今年の秋ぐらいに、インドネシアのバリ島とオーストラリアのアデレード、２カ国...TripQ

難しいですね。本来ならばガルーダインドネシア航空利用で、インドネシア経由オーストラリア（アデレード）行き、帰りにバリ（デンパサール）でストップオーバー　が一番スマートで良いと思うのですが、
…事故多いですからね；；
http://www.cnn.co.jp/business/CNN200704180025.html

ガルーダインドネシア航空のサイトで航空券を検索しても出てこないのは、こういう理由で（現在、一時的に）発券を中止しているのかもしれません。
一度、旅行会社に問い合わせてみることをお勧めします。

あるいは、バリ行きの航空券とバリ-アデレード間は別に買うかですね。ちょっと詳しくないもので、なんとも言えないのですが、インドネシア発の格安航空券というものはない様子…？

ということであれば、例えばジェットスター航空利用はいかがでしょうか。これなら日本からでも、オンラインで予約できます。（デンパサール-アデレード飛んでます。シドニー経由になるみたいですが…。）
ただし、一番安いジェットセーバークラスが空いているかは、別問題です。秋といってもいつくらいかわからないので、なんとも言えませんが、日にちによっては既に売り切れていますので、早め、できればもう、すぐ予約してください。
（インドネシア-オーストラリア間にはフェリーもあるはずですが、航空券が見つかるなら、そちらの方が良いでしょう。）

※　ジェットスターを使うとなると、「日本-インドネシア/インドネシア-オーストラリア」
　以外にも、「日本-オーストラリア/オーストラリア-インドネシア」で行っても安くなる
　と思います。料金はご自分で調べて、検討なさってください。（オーストラリアドルです）

全ての予約（英語）
http://www.jetstar.com/au/index.html

日本-オーストラリア間の予約のみ（日本語）
http://www.jetstar.com/jp/index.html

※　ジェットスターは格安航空会社です。機内サービスはセットされていません。
　機内食やブランケットなどは、特にオーダーしない限り（別料金、機内で払う）
　出てきませんので、ご自分で用意ください。持ち込み可。